Уже почти три года прошло с тех пор, как Учиха Саске самовольно покинул Коноху и ушел в Селение Скрытого Звука, где обучался новым техникам непосредственно у одного из троицы легендарных саннинов и Главы Селения Скрытого Звука - Орочимару. Практически по истечении трехлетнего пребывания и обучения у Орочимару, Учихе Саске удалось сбежать из Селения Скрытого Звука до того, как змеиный саннин осуществит по отношению к нему свои тайные замыслы, а именно: использует тело Саске как вместилище для собственной души. Потеряв потенциальное тело для перерождения, Орочимару ничего не оставалось, как найти на следующие три года другое. Обретя новое тело, Орочимару прилагает все усилия к тому, чтобы вернуть своего беглого ученика и бросает на его поиски практически всех своих людей. Тем временем становится известно, что Саске так же времени не терял. Совершив набеги на несколько других скрытых убежищ Орочимару, он уничтожил их, освободив предварительно всех пленников. Двое особо ценных пленника - Джуго и Суйгецу, а так же Карин (одна из подручных Орочимару), получив свободу, исчезли (как позже выяснилось) в неизвестном направлении. След Саске так же был утерян.
Окончательно взбешенный такими вестями, Орочимару решает действовать более решительно. С помощью запрещенной техники, он призывает и возвращает к жизни четверых умерших Хокаге Конохи и поручает им найти и вернуть Саске в Селение Скрытого Звука. Но планам Орочимару опять не суждено было сбыться. Двое других из троицы легендарных саннинов – Цунаде и Джирайя, снимают с воскрешенных Орочимару Хокаге действие техники подчинения, избавляя их, таким образом, от его влияния. Все Хокаге возвращаются в Коноху. Джирайя продолжает свое путешествие по странам, во время которого собирает информацию об организации Акацки.
Внезапно в Коноху возвращается и Учиха Саске. Пятая принимает его, прощает самовольный побег, и разрешает остаться. Она вновь включает Саске в состав команды №7, под руководством Хатаке Какаши. Возвращение Саске в Коноху было как нельзя кстати. Практически все джонины мобилизованы, как и их команды, и заняты миссиями. Появление еще одного талантливого шиноби только на пользу селению. Тем более, если он является наследником Великого клана Учиха…
Неудача за неудачей вынуждает Орочимару отважиться на рискованный шаг. Змеиный саннин решается заключить временный союз с организацией Акацки и уже совместными усилиями уничтожить Коноху. Орочимару ждет благоприятного момента для проведения переговоров с Лидером организации - Пейном. Акацки тем временем продолжают воплощать в жизнь собственные планы, разыскивая и захватывая хвостатых демонов. Небольшие беспорядки, возникшие в Стране Дождя, заставляют Пейна, который является так же Лидером Селения Скрытого Дождя, и его напарницу Конан поспешно отбыть туда для их урегулирования.
